O Limão, apesar de todos os benefícios, também pede alguns cuidados e como tudo o seu consumo deve ser moderado, pois quando em doses elevadas, tem alguns feitos secundários ou colaterais e pode ser convulsivo, provocar tremores, delírios e vertigens. Na aroma terapia, o óleo essencial de limão usado em altas doses, por longos períodos de tempo, pode causar hipertensão arterial.
Como contra indicações, quando aplicado externamente, não se deve expor a pele ao sol, pois queima e provoca manchas. A aroma terapia com óleo de limão é contra indicado para diabéticos.